La idea de la creación del Instituto Pío XII comenzó a gestarse por iniciativa de Monseñor Juan Antonio Muñoz (21/mayo/1927-03/mayo/2000) en febrero de 1991.
Lo que en principio fue sólo una idea comenzó a tomar forma concreta, cuando él convocó a cuatro docentes egresados del Instituto Santo Tomás de Aquino, con quienes recorrió el Barrio Independencia y Los Flores buscando un lugar adecuado para que funcionara el Instituto, al mismo tiempo que los interiorizaba de los objetivos que guiarían la labor educativa.
La inscripción de los primeros alumnos se realizó en el local del Colegio Nuestra Señora de Fátima. El comienzo de su labor educadora fue el 4 de abril de 1991 a las 13:30 hs en el local de la Ex Sala de Primeros Auxilios del Barrio Independencia.
En un sencillo acto, que contó con la presencia de Monseñor Muñoz, padres, vecinos, docentes y alumnos inició sus actividades con el 1er. Año cuya matrícula estaba constituida de 15 alumnos. Esta comunidad educativa, desde un principio, fue conciente de las carencias de la institución, que funcionaba en un local prestado y con escaso mobiliario.
Por razones político – jurisdiccionales el Instituto Pío XII dejó la Sala de Primeros Auxilios y funcionó provisoriamente en el local del Colegio Ntra. Sra. de Fátima (Barrio Reconquista, aledaño al Barrio Independencia), donde permaneció por el lapso de cuatro meses, mientras se buscaba incesantemente un local propio.
En julio de 1991 la Escuela Primaria Martín Uriondo de gestión estatal (del Barrio Independencia), cede gentilmente un aula, lugar al que se traslada el instituto. Mientras tanto los alumnos comienzan a apoyar la construcción y remodelación del que sería el futuro local propio, ubicado en calle 506 del mismo barrio.
La construcción del local propio se inicia a partir del momento en que Monseñor Muñoz adquiere cinco terrenos de 10 x 20 metros , donde estaba edificada una casa de dos ambientes. El Instituto Pío XII se traslada nuevamente en septiembre de 1991 al local donde funciona hasta el presente.
Entre las características de la vivienda se puede decir que: no contaba con piso y sus paredes no habían sido revocadas. En este sentido los primeros alumnos del instituto ofrecieron su trabajo para mejorar el edificio. En consecuencia, a fines del año 1991 el local escolar ya contaba con piso, revoque, baños y el mobiliario mínimo indispensable.
A principios del ciclo lectivo 1992 el instituto tenía dos aulas, y ese mismo año se inició la construcción de dos aulas más, un baño para varones (dos inodoros, dos mingitorios y un lavatorio) y un baño para mujeres (tres inodoros y un lavatorio). Las construcciones estuvieron concluidas para dar comienzo al ciclo lectivo 1993.
La distribución de los cuatro espacios dentro del Instituto era la siguiente: Rectoría que compartía el lugar con Secretaría y Sala de Profesores, y tres aulas. Creció el plantel docente, con la incorporación de dos profesores de habían trabajado en el Instituto Ntra. Sra. de Sumampa, quienes eran pioneras en la gestión de los colegios con Ciclo Básico de Servicio a la Familia.
En 1993 egresa la primera promoción (del 3er año) con un acto realizado en el Salón de Actos del Oratorio Don Bosco.
En el año 1996 gracias el esfuerzo de los alumnos, la comisión de padres y los docentes se logran los fondos necesarios para la compra de tapias premoldeadas, las que son destinadas a cerrar el perímetro del terreno del local escolar, entre otras mejoras.
A fines de 1997 urge remodelar el colegio porque debido a que a partir de 1998 serán cinco cursos la estructura del Bachillerato con Orientación Informática, y en ese momento sólo eran tres aulas, entonces no se podría albergar el número total de alumnos.
Entonces gracias al trabajo del equipo de docentes, alumnos y la comisión de padres se recaudan fondos (realizando diferentes actividades benéficas) para comenzar la construcción de un aula. Para concluir la construcción de la misma se recibe el apoyo económico logrado por el matrimonio argentino - alemán de Ramón Perez y Urlique Habermann, desde Alemania.
En el año 2006 por gestión de la S. A. E. D. se hace realidad la galería techada del Instituto Pío XII, lo que significó un gran avance debido a que las inclemencias climáticas ya no significarían un impedimento para la realización de actividades en las que debiese intervenir todo el alumnado.
Durante el año 2010 se concretó la construcción de dos aulas nuevas y su galería, gracias al aporte recibido de la comunidad de Alemania que nunca deja de acompañarnos.